Formó parte de la Dirección Deportiva del Atlético de Madrid junto al equipo de trabajo de Paolo Futre, en la temporada 2002 - 2003.

 Desempeñó las funciones de Ayudante de Campo con los siguientes entrenadores:

• Luís Aragonés, en 2003.
• César Ferrando, en 2003 - 2004.
• Carlos Bianchi, en 2004 - 2005.
• Javier Aguirre, en 2005 - 2006.

 Luís Aragonés fichó a César Mendiondo para la Selección Española, donde realizó las funciones de Scouting y Asistant Couch en el Mundial de Alemania 2006.

 Entre el 2006 y 2008,  trabajó como Ayudante de Luís Aragonés durante toda la fase de clasificación para la Eurocopa de 2008 en Austria y Suiza, y se proclamaron Campeones de Europa.

 Al terminar su carrera como futbolista fichó por el CP. Mérida para asumir la Dirección Deportiva del club.

 Más tarde, ocupó el puesto de Segundo entrenador con Jorge D´Alessandro y, posteriormente, también con Paco Herrera. Permaneció tres temporadas en este club realizando ambas funciones.